順問題ソルバーに対して探索アルゴリズムを適用して最適解を探すためのフレームワーク。バージョン1.0では、順問題ソルバーとして量子ビーム回折実験の全反射高速陽電子回折実験（Total-reflection high-energy positron diffraction, TRHEPD，トレプト）、探索アルゴリズムはNelder-Mead法、グリッド型探索法、ベイズ最適化、レプリカ交換モンテカルロ法が実装されている。順問題ソルバーはユーザ自身で定義することもできる。

ホームページ

Official Page: http://www.pasums.issp.u-tokyo.ac.jp/2dmat/

GitHub: https://github.com/issp-center-dev/2DMAT

MateriApps: https://ma.issp.u-tokyo.ac.jp/app/4998

マニュアル

インストール済最新バージョン

2.1.0 (2022/07/25 現在)

物性研スパコンでの利用方法 

  • サンプルスクリプトと入力ファイルの場所
    • システムB
      • /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0–openmpi-4.1.5/py2dmat/
    • システムC
      • /home/issp/materiapps/PrgEnv-intel_8.3.3/py2dmat/
  • 実行方法
    1.  計算環境の準備 
      $ source /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0--openmpi-4.1.5/py2dmat/py2dmatvars.sh
      これにより、最新バージョンの2DMATをインストールしたpython3へ のPATHが通ります。
    2. 入力ファイルの準備 
      $ cp -rf $PY2DMAT_ROOT/sample .
    3. ジョブのサブミット
      • システムBの場合 
        $ cd sample/analytical/mapper
$ cp /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0--openmpi-4.1.5/py2dmat/sample_jobscript/py2dmat.sh .
$ sbatch py2dmat.sh
      • システムCの場合 
        $ cd sample/analytical/mapper
$ cp /home/issp/materiapps/PrgEnv-intel_8.3.3/py2dmat/sample_jobscript/py2dmat.sh .  
$ qsub py2dmat.sh
      • /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0–openmpi-4.1.5/py2dmat/sample_jobscript/ にスクリプトのサンプルが用意されているので、カレントフォルダにコピーした上でジョブを投入します。なお、順問題ソルバー sim-trhepd-rheed, sxrd もプリインストールされており、実行ファイルは
        /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0–openmpi-4.1.5/sim_trhepd_rheed/, /home/issp/materiapps/oneapi_compiler_classic-2023.0.0–openmpi-4.1.5/sxrd/
        にあります。

      利用回数の測定について

      • ソフトウェア高度化・開発プロジェクトに採択されたソフトウェアでは、物性研スパコン上での利用数を測定しています。プロジェクトの意義を評価するための重要な指標となりますので、ご協力のほどよろしくお願いいたします。プリインストールされていないバージョンを使用する際にもカウントすることができますので、ソフトウェアの使用状況の把握のためにもカウントにご協力いただけると助かります(詳細についてはこちらをご覧ください)。。

       

      問い合わせ先

      • 2DMATの利用方法（インプット作成など）、機能などについて
        2DMAT on GitHub: https://github.com/issp-center-dev/2DMAT/issues
      • 物性研スパコンシステムにおける実行方法について
        物性研スパコン対応ソフトウェア相談窓口
        center-apps@issp.u-tokyo.ac.jp